違法ではありませんが、母性健康管理や母性保護の措置が適切・円滑に講じられるためにも就業規則に加えるか別途規程を設けましょう。

妊娠中の規程の有無に関わらず、会社で規則を定めていない場合や、労基法などの国の法律より下回る内容の場合は国の法律が優先して適用されることになります。ですから規程がなくても違法であるとは言えませんが、基本である就業規則は作成されていると思いますので、その中に加えるか別途規程を設けることをお勧めいたします。
「母性健康管理のための休暇等」として「男女雇用機会均等法第12条及び第13条」の内容、そして休業、勤務時間の短縮に対する給与の支払いに関する措置を明記することで、女性労働者が受ける権利が分かりやすくなり、給与についての待遇措置が分かっていれば後のトラブルを避けることができます。また、就業規則に定めることで統一された対処が期待できます。
規程の作成について詳しくお知りになりたい場合は「労働局雇用環境・均等部（室）」にご相談することもできます。また、このサイトでも就業規則の参考例を掲載していますので、参考になさってください。