事業主が一方的に年次有給休暇を通院休暇に充てるよう女性労働者に指示することは認められません。

男女雇用機会均等法第12条では妊産婦のために保健指導又は健康診査を受けるために必要な時間を確保するよう事業主に求めています。健康診査受診のための回数も定められており、通院に関する休暇、時間短縮すべてが「無給」となると従業員の大幅な給与減額は避けられません。
会社としてその負担を軽くしてあげたいというお気持ちはお察ししますが、企業側は業務繁忙時の年次有給休暇の時季変更権は認められているものの、通院休暇を年次有給休暇で消化するよう命ずることは認められていません。
ただし、年次有給休暇をどういう目的に利用するかは労働者の自由に委ねられていますので、女性労働者が自ら希望して通院休暇のために年次有給休暇を取得することは問題ありません。